Mit Zollabfertigung ist gemeinhin das Prozedere an den Grenzen gemeint, welches zur zoll- beziehungsweise zur steuerrechtlichen Behandlung von Waren durch Zöllner durchgeführt werden muss.Bei der Zollabfertigung wird beispielsweise kontrolliert inwieweit Personen zoll- oder steuerrechtliche Waren in ein anderes Land bringen. Die Abfertigung versucht durch Kontrollen, unverzollte Waren zu ermitteln, oder aber beispielsweise geschmuggelte Drogen zu erkennen. Dabei werden während der Zollabfertigung häufig Spürhunde eingesetzt, die sowohl den zu Verzollenden als ebenso deren Taschen, beispielsweise an Flughäfen, kontrollieren. Gerade nach dem neunten November 2001 wird vermehrt auch nach Sprengsätzen bei der Abfertigung geprüft. Hier gab es die größte Kritik, verübten doch mit eingeschmuggelten Bomben bewaffnete Terroristen per Flugzeug die tödlichen Anschläge.Noch heute reagieren Polizisten während der Abfertigung ungemütlich, treffen sie auf diverse Utensilien, die explodieren oder als Waffe verwendet werden könnten. Ein Beispiel dafür ist das Haarspray.

Interessant gestaltet sich beispielsweise die Zollabfertigung an den deutschen Grenzen zur Schweiz und nach Liechtenstein. Hier wir häufig während der Zollabfertigung Schwarzgeld beschlagnahmt, welches auf diverse Konten in der Schweiz oder in Lichtenstein eingezahlt werden sollte. Im Zuge der ans Licht gekommenen Affäre um Daten CDs verschiedener Schweizer und Liechtensteiner Banken versuchten zuletzt zahlreiche Steuerhinterzieher ihre Konten zu leeren und befuhren den umgekehrten Weg in Richtung Deutschland. Dies führte allerdings ebenso zu zahlreichen Anzeigen.

Besonders interessant gestaltet sich die Abfertigung in der Containerschifffahrt. Hier werden Container zunächst per Röntgenstrahlen durchleuchtet. Erst bei einem Anfangsverdacht lässt man den Verdachtscontainer öffnen, und kontrolliert diesen näher. Dies verkürzt die Zeit erheblich, und verringert die Wartezeiten auf die jeweilige Fracht.